Eesti muuseumitraditsioon on saanud alguse munast. Nimelt just see ese pani 1802. aastal aluse raeapteeker Johann Burchardt VII rariteetide kogule. Burchardti kuriositeetide kogust Mon Faible (“minu nõrkus”) sai Eesti esimene eramuuseum. 1802. aastal taasavatud Tartu Ülikooli koosseisu kuulunud looduslookabinet (Naturalienkabinet) ning ülikooli kunstimuuseum, mille rajamine sätestati 1803. aastal ülikooli põhikirjas, said Eesti esimesteks avalikeks muuseumideks. Tartu Ülikool pani 19. sajandi I poolel aluse Eesti nüüdisaegsele muuseumikultuurile.


Tartu Ülikooli Kunstimuuseum

Muuseumide tekke üheks olulisimaks eelduseks oli huvi Eesti kohaliku kultuuripärandi vastu. Baltisaksa intellektuaalide sõpruskondade algatusel asutati muuseume, millest said praeguste riiklike ajaloo- ja loodusmuuseumide ning mitmete maakonnamuuseumide eelkäijad.
Oluline murrang kohalikus pärandikultuuris algas uue sajandiga, kui Eesti kultuuri säilitamiseks asutati 1909. aastal Eesti Rahva Muuseum. Muuseumi rajamise mõtet toetasid ning etnograafilistest ja kultuuriloolistest kogumisreisidest võtsid osa paljud Eesti kultuuritegelased, üliõpilased ning õpetajad. 1919. aastal avati Kristjan Raua eestvõttel Eesti Muuseum, mis muudeti 1928. aastal Eesti Kunstimuuseumiks.
Muuseumide loomine hoogustus 1920.–1930. aastatel. Peamiselt asutati kohalikke koduloomuuseume või spetsialiseeritud muuseume, mis keskendusid kas teatud erialale või mõne linna ajaloole (Eesti Meremuuseum, Eesti Postimuuseum, Eesti Tervishoiumuuseum, Tallinna Linnamuuseum jt).

Pärast Nõukogude võimu kehtestamist osa muuseume natsionaliseeriti ja teine osa suleti. Nõukogude perioodil pandi alus riiklikult suunatud muuseumitegevusele – kujundati süsteemne muuseumivõrk riiklike ja rajoonimuuseumidega. Muuseumist sai mõjukas ideoloogia- ja kultuurirelv. Asutati hulgaliselt memoriaalmuuseume kohalikele kultuuritegelastele: Lydia Koidula, Eduard Vilde, Ants Laikmaa, Anton Hansen Tammsaare, Rudolf Tobiase jpt memoriaalmuuseum. Tekkis ka uut tüüpi muuseume, millest suurim oli 1957. aastal asutatud Eesti Riiklik Vabaõhumuuseum, mis oli muuseas esimene vabaõhumuuseum kogu Nõukogude Liidus.


Eesti Rahva Muuseum

Eesti Vabariigi taastamise järel on osa muuseume poliitilistel põhjustel likvideeritud, osa on hääbunud seoses erastamisega. Igas maakonnas on üks keskmuuseum, mis reguleerib ja kontrollib selle maakonna muuseumielu. Asutatud on ka uusi muuseume. 1990. aastatel on rajatud näiteks Eesti Panga Muuseum, Eesti Arhitektuurimuuseum, Mikkeli Muuseum, Kohtla Kaevanduspark-muuseum ning hulgaliselt maakondlikke koduloomuuseume.
21. sajandi algus on pannud aluse ka Eesti muuseumiarhitektuurile. 2003. aastal valmis Eesti Okupatsioonide Muuseum. 2006. aastal avati Kadriorus Eesti Kunstimuuseumi uus hoone.

Eesti on muuseumirohke maa. Riiklikke muuseume on praegu 30 – 12 keskmuuseumi, 3 riigimuuseumi ning 15 maakonnamuuseumi. Lisaks töötavad veel linnamuuseumid, ülikoolimuuseumid ning eraisikutele, institutsioonidele ja asutustele kuuluvad eramuuseumid. Kokku on Eestis 250 muuseumi.